Директор Учреждения назначается и освобождается от должности приказом Минсельхоза России. Срок полномочий, права и обязанности директора устанавливаются трудовым договором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

В соответствии с Приказом Минсельхоза России от 10 февраля 2023 г. № 23-кр врио директора ФГБУ «Россельхозземмониторинг» назначен Игорь Сергеевич Козубенко.